20 декабря 2009 у стены Головкина бастиона (в 18 м от левого фаса) Петропавловской крепости на глубине немногим более одного метра обнаружились человеческие кости. Находка вызвала большой общественный резонанс. В захоронении были обнаружены останки 16 человек с явными следами насильственной смерти (черепа с отверстиями от пулевых повреждений в затылочной части). Среди казненных был инвалид с давно ампутированной ногой и женщина, обнаружилось большое количество разнообразных предметов, прежде всего фрагменты офицерского обмундирования и гражданской одежды. Костные останки были переданы для проведения исследований в Бюро судебно-медицинской экспертизы Ленинградской области. Параллельно с поисковыми велись и исследовательские работы, целью которых являлось установление личностей погибших. Был проведен ряд антропологических, судебно-медицинских и генетических экспертиз, велись архивные поиски. В газете Петроградская правда от 20 декабря 1918 года (No 279, с. 3) опубликован список расстрелянных по постановлению Петроградской ЧК 13 декабря 1918 года. В этом расстрельном списке были названы именно 16 человек, в том числе генерал-майор флота Александр Николаевич Рыков и совладелица одного из петроградских кафе Вера Викторовна Шульгина. Выяснилось, что военный моряк Рыков лишился ноги при обороне Порт-Артура в 1904 году. С помощью генетической экспертизы предположительных потомков удалось идентифицировать останки — это Алекса́ндр Никола́евич Ры́ков генерал-майор флота, участник русско-японской войны, участник обороны Порт-Артура, кавалер ордена Святого Георгия IV степени. Таким образом, женские останки с высокой вероятностью принадлежат В. В. Шульгиной, сестре генерала-майора Б.В.Шульгина.
14 ноября 2011 года на Новодевичьем кладбище в Санкт-Петербурге состоялось перезахоронение останков Александра Николаевича Рыкова. Это единственный случай захоронения останков человека, из числа жертв Красного террора, убитых большевиками в Петропавловской крепости, личность которого удалось с точностью идентифицировать